Einen besonderen Gefahrenherd für das Eindringen von Krankheitserregern in den hitzebehandelten Boden bietet der darunterliegende Untergrund. Abhängig von der Wurzeltiefe der gepflanzten Kultur können phytopatogene Organismen in tiefe Bodenbereiche vordringen und auch diese verseuchen. So kann es vorkommen, dass gedämpfte höhere Bodenschichten von solchen tiefliegenden Krankheitserregern rekonterminiert werden.
Bei stark krankheitsbefallenen Böden ist daher zu empfehlen, abhängig von der Wurzeltiefe der zu kultivierenden Pflanzensorte, vor dem Dämpfen Bodenproben aus verschiedenen Bodenschichten zu nehmen und auf den Krankheitsbefall hin zu überprüfen, um somit die benötigte Dämpftiefe zu ermitteln.
Zudem kann durch die gezielte Impfung des gedämpften Bodens durch Mikroorganismen dessen Abwehrkraft gegen eindringende Krankheitserreger wesentlich gestärkt und dadurch die Wiederverseuchung immens gehemmt werden.
Durch die Einbringung von positiv wirkenden Mikororganismen in den gedämpften Boden kann man zudem die Gefahr der oberflächlichen Wiederverseuchung durch Einschleppung von außen, z.B. der Nutzung von Fremdsubstrat und kontaminiertem Pflanzengut eingrenzen.
